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基因表達是指細胞在生命過程中，把儲存在DNA順序中的遺傳信息經過轉錄和翻譯，轉變成具有生物活性的蛋白質分子。基因差別表達(differential gene expression)又叫做基因的選擇性表達，高等生物大約有30000個不同的基因，但是在任意種類的細胞中只有5%~10%的基因得以表達，且這些基因的表達按時間和空間順序有序的表達，從而產生細胞分化?；蚪M中表達的基因分為兩類：
⑴一類是維持細胞基本生命活動所必須的，稱管家基因（house keeping gene），如各種組蛋白基因；
⑵另一類是指導合成組織特異性蛋白的基因，對分化有重要影響，稱奢侈基因（luxury gene），即組織特異性基因(tissue-specific gene)。這類基因與各類細胞的特殊性有直接的關系, 是在各種組織中進行不同的選擇性表達的基因。
研究基因表達的方法涉及啟動子分析、轉錄水平分析、比較轉錄組分析、翻譯水平分析等。其中相應的技術方法如下：啟動子分析包括核連綴分析（Nuclear Run-on assay）、DNA足跡分析（DNA Foot-printing assay）、凝膠遷移實驗（EMSA）、報告基因分析（Reporter gene assay）、DNA截短定點誘變（DNA truncation and site-directed mutagenesis）、體外重組分析(in vitro reconstitution assay)、染色質免疫沉淀分析（CHIP assay）。轉錄水平分析的方法包括Northern印跡（Northern blots）、RNA酶保護實驗（RNase protection assay）、反轉錄PCR（Reverse transcription PCR）、實時定量PCR(Real Time PCR)、原位雜交（In situ hybridization）、引物延伸實驗（Primer extension assay）等。比較轉錄組分析包括差別篩選（Differential screening）或稱差別雜交（differential hybridization）、扣除雜交（Subtractive hybridization）、基因表達差異顯示實驗（Differential display）、DNA微陣列分析（Array-based methods）等。翻譯水平分析包括Western印跡（Western Blots）、免疫細胞化學技術（Immunocytochemistry）、免疫組織化學技術（Immunohistochemistry）、蛋白修飾（Protein modification）、蛋白組學（Proteomics）等方法。
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